巴氏芽孢桿菌在工農(nóng)業(yè)及醫(yī)藥生產(chǎn)中均有廣泛應(yīng)用。
農(nóng)業(yè)生產(chǎn)
巴氏芽孢桿菌產(chǎn)生的抗菌物質(zhì)能防治多種植物病害，
已有一些巴氏芽孢桿菌生防菌株得到商品化或得到有限商品化生產(chǎn)應(yīng)用許可。蘇云金芽孢桿菌形成過程中可以產(chǎn)生一種伴孢晶體，它已成為世界上產(chǎn)量大的微生物殺蟲劑。側(cè)孢短芽孢桿菌的一些菌株也能產(chǎn)生晶體蛋白及酶類物質(zhì)，對于無脊椎生物具有毒性作用。芽孢桿菌具有解磷、解鉀、固氮等生物活性，有利于提高作物產(chǎn)量，而且芽孢桿菌抗逆性好，巨大芽孢桿菌、膠質(zhì)芽孢桿菌、固氮芽孢桿菌、球形芽孢桿菌、側(cè)孢短芽孢桿菌等被廣泛用于生產(chǎn)生物肥料。芽孢桿菌產(chǎn)生的抗菌物質(zhì)對畜禽具有促生長、保健和治療疾病的作用，屬無毒副作用、無殘留、無致細菌耐藥性的一類環(huán)保型制劑。芽孢桿菌產(chǎn)生的抗菌肽的殺菌機制非常*，病原菌不易對抗菌肽產(chǎn)生耐藥性，因而抗菌肽作為一種新型飼料添加劑，是目前飼料業(yè)的一個新的研發(fā)方向。
食品加工和保鮮
巴氏芽孢桿菌產(chǎn)生的抗菌物質(zhì)具有廣譜殺菌活性，對與食品有關(guān)的多種革蘭氏陰性菌和陽性菌均有較強的殺菌作用，并且一般具有良好的熱穩(wěn)定性，可用于防止熱加工食品過程中其他細菌的污染，也可用于防止巴氏殺菌后的再污染，還可用于食品發(fā)酵過程中的雜菌污染。另外，部分種類芽孢桿菌產(chǎn)生的L-賴氨酸可用于食品添加劑。芽孢桿菌還可用于發(fā)酵食品，我國利用凝結(jié)芽孢桿菌低鹽腌漬雪里蕻。
工業(yè)生產(chǎn)
利用巴氏芽孢桿菌發(fā)酵獲得工業(yè)生產(chǎn)上需要的高活性、高純度的淀粉酶、蛋白酶的方法在20世紀30年代就開始應(yīng)用。
醫(yī)學
巴氏芽孢桿菌產(chǎn)生的抗菌物質(zhì)一般具有廣泛的抑菌譜，能殺傷包括耐藥菌株在內(nèi)的細菌、某些真菌、寄生蟲、部分病毒以及腫瘤細胞等，并且有結(jié)合脂多糖、中和內(nèi)毒素等作用，因此引起了科學家和醫(yī)務(wù)工作者的廣泛關(guān)注。芽孢桿菌制備的微生態(tài)制劑在治療腸道菌群失調(diào)癥、治療念珠菌感染、預(yù)防瘡面感染等醫(yī)療過程中發(fā)揮了重要的作用。
環(huán)保
地衣巴氏芽孢桿菌和枯草芽孢桿菌的代謝產(chǎn)物聚-γ-谷氨酸可用于降解塑料，還可作為沙漠保水劑。側(cè)孢短芽孢桿菌可以將4-羥基苯甲酸丙酯轉(zhuǎn)變?yōu)辇埬懰?。此于處理工業(yè)廢水和降解環(huán)境中的有毒物質(zhì)，如多環(huán)芳烴、石油、有機磷農(nóng)藥、有機氯農(nóng)藥。多黏類芽孢桿菌產(chǎn)生的胞外多糖和胞外蛋白，可用作絮凝劑處理污水。
科學研究
巴氏芽孢桿菌屬中有許多天然菌株可提供不同的高生物活性基因。枯草芽孢桿菌、短小芽孢杄菌、地衣芽孢杄菌也可作為基因工程受體菌。僅枯草芽孢桿菌就表達出了近200種原核和真核生物來源的蛋白基因?？莶菅挎邨U菌無論是在生產(chǎn)上還是在對基因組及物理圖譜的研究中都起著重要作用。
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